苏州眼科医院实行院长负责制，设有完善的组织管理机构，确保医院各项工作的顺利开展。

医院下设医务部、护理部、门诊部、住院部、科研教学部、后勤保障部等核心部门，各部门分工明确、协调配合。

医院同时设立学术委员会、医疗质量管理委员会等专业委员会，为医院的学术发展和医疗质量提供有力保障。